Innovative Information Technology

Innovitech kft.

Genomatlas - Egy adott faj genomjának sejttípusspecifikus háromdimenziós szerkezetének szimulációja

A projekt az UD-GenoMed Kft. (Debreceni Egyetem Biokémiai és Molekuláris Biológiai Intézetének spin-off vállalata) szakmai részvételével valósul meg.

A GenomAtlas képes egy adott sejttípus szekvenálási adatainak bioinformatikai transzformációk általi feldolgozásával elért kapcsolódási mátrixok alapján prediktálni a genom háromdimenziós szerkezetét. A feltárt mesterséges intelligenciai algoritmusok segítségével a háromdimenziós szerkezet vizualizációja hatékonyan és felhasználóbarát módon végezhető el. Az alkalmazás tehát képes a genom szerkezetének térbeli megjelenítésére, szimulációk elvégzésére. A megjelenítés interaktív, mely lehetővé teszi a különféle geometriai transzformációk elvégzését pár kattintással háromdimenziós környezetben (nagyítás-kicsinyítés, elforgatás, stb.).

A kifejlesztett alkalmazás segítségével közelebb kerülhetünk annak megértéséhez is, hogy különböző sejttípusok, például a makrofágok, milyen módon képesek alkalmazkodni a megváltozott környezethez és ebben mi a szerepe a sejttípus-specifikus háromdimenziós kromatinszerkezetnek. Ezen kutatás-fejlesztési projekt eredményei révén olyan általános összefüggéseket figyelhetünk meg, amelyek alapjául szolgálhatnak a magas vérnyomás, elhízás, rák vagy más ún. multifaktoriális megbetegségek patomechanizmusainak megértéséhez is.

A következő fő használati esetekkel jellemezhető a rendszer:

  • A szekvenátor által előállított nyers adatok feltöltése és rendszerezése
  • A nyers szekvenálási fájlokból ún. kapcsolódási mátrixok előállítása egy felhasználóbarát munkamenet alapján
  • A kapcsolódási mátrix alapján a háromdimenziós szerkezet predikciója a feltárt mesterséges intelligencia algoritmusok használatával
  • A generált háromdimenziós objektum megtekintése és interaktív transzformációk elvégzése
  • Az objektum régió-specifikus vizsgálata, amely során meglévő genomi adatbázisokat vetíthetünk az adott szerkezetre.

Az Innovitech kft. Adott fajhoz tartozó sejttípus-specifikus genom háromdimenziós megjelenítője prototípus kifejlesztés megnevezésű projektjét a Magyar Állam és az Európai Unió 129,98 millió forinttal támogatta. A projekt azonosítószáma: GINOP-2.1.7-15-2016-01487

A kedvezményezett neve: Innovitech kft.

A projekt címe: Adott fajhoz tartozó sejttípus-specifikus genom háromdimenziós megjelenítője prototípus kifejlesztés

A szerződött támogatás összege: 129,98 millió forint

A projekt azonosító száma: GINOP-2.1.7-15-2016-01487

A projektről további információk az Innováció menüpontunk alatt érhetők el.